GenPlay: Analizador de ADN de código abierto

Un grupo de científicos del Colegio de Medicina Albert Einstein de la Universidad de Yeshiva, en Nueva York, ha desarrollado un analizador de genoma de código abierto. Se trata de un software que realiza la tarea que normalmente está a cargo de los expertos y que seguramente ayudará a que el costo implicado en este tipo de análisis descienda aún más. GenPlay puede descargarse de la red y es compatible con los tres tipos principales de datos genéticos.

Quienes tenemos ya algunas décadas sobre nuestras espaldas recordamos la aventura que representó secuenciar por primera vez el genoma humano. La secuencia de ADN contenida en 23 pares de cromosomas -compuestos por unos 25 mil genes– en el núcleo de cada célula humana (diploide) contiene aproximadamente unos tres mil doscientos millones de pares de bases, y determinar cada una de ellas parecía una tarea que nunca iba a terminar. El Proyecto Genoma Humano, el proyecto internacional de investigación cuyo objetivo era determinar la secuencia de pares de bases químicas que componen el ADN e identificar y cartografiar nuestros  genes desde un punto de vista físico y funcional requirió de 10 años de trabajo y unos 7 mil millones de dólares de presupuesto. “Pero hoy en día,” dice Eric Bouhassira, uno de los responsables de GenPlay, “un genoma completo puede ser secuenciado por menos de $ 10 mil dólares, y esperamos que ese costo caiga a menos de mil en unos pocos años. Esta dramática caída de los costos ha llevado a la generación semejante cantidad de nuevos datos, que los biólogos encargados de analizarlos están teniendo problemas para hacerlo. GenPlay tiene como objetivo hacer más fácil la tarea de los biólogos”, finaliza.

En el desarrollo de este software ha participado, además del citado profesor de medicina Eric Bouhassira, Ira Rennert, que ocupa el cargo de profesor de Biología, Células Madre y Medicina Regenerativa en el Einstein. El programa funciona junto a un navegador que permite a los biólogos analizar y procesar rápidamente los datos relacionados con el análisis del genoma. Su funcionamiento ha sido descrito con detalle en la edición de mayo de Bioinformatics. y a pesar de que en el mercado se pueden conseguir al menos una decena de programas que hacen lo mismo que GenPlay,  este es el único que se distribuye bajo la modalidad de código abierto.